予夙有志方藥，少困舉子業，未遑也。歲癸丑，釋褐都下，迨丁巳，承乏比部，意通都大邑，良師萃焉，聽讞之暇，留心諮訪或枚舉一二輩，曰︰是出入於公卿之門者，眾皆靡然從之，往往不暇考其術業。吁﹗徇名之弊，豈特仕道然哉。己未歲，先君子以腸 背養，聞病不至，是抑不審醫之過也，使不孝長抱終天之恨焉。因自顧拙於宦者與世之拙於醫者，安可預人家國事耶？遂絕意進取，間取《靈》《素》諸書，反覆讀之，古奧淵邃，莫知端倪。友人邵君偉元，授予以《醫學綱目》四十卷，曰︰是書出於蕭山樓全善先生所輯，簡而知要，繁而有條，悉本於《靈》《素》，亦猶律之條例，比附不出於禮經也。公以禮律佐時，獨不能無蹈是乎？因與偉元暨劉君化卿分帙校，矢志弗措，有不合者，書繹夜思，若將通之，凡再逾寒暑而後就梓。訛者正，缺者補，秩然可觀，回視舊本，若草 矣。此書二百年來幾晦而複明，幾廢而複舉，寧不有定數存乎﹗書大要本之陰陽以定其準，參之運氣以稽其變，則勝複有微其矣；血氣有虛實，以立其法，考之同異以正其訛。是故時至有早晚，則民病有征應矣；氣位有正變，則勝複有微甚矣；血氣有虛實，則調治有逆從矣；氣味有濃薄，則約方有輕重矣；營衛有宣壅，則補瀉有疾留矣。其說一正於《靈》《素》《甲乙》，而參之以仲景、東垣諸君子之緒論。病必有門，門必揭其綱；治必有法，法必詳其目，巨細不遺，詳略通貫，參互眾說，而折衷之於經。能由此者，謹道如法，萬舉萬全；不由此者，實實虛虛，夭人長命。故覽其書，如大都列肆之中，丹砂、玉札、馬渤、牛溲，何所不有，而其取裁劑量，則固存乎人焉耳。先生嘗曰︰病之千變萬化，不越陰陽五行。又曰︰氣失其平則為疾，醫者意也，不過平其氣耳。嗚呼﹗此數言者，又為是書之綱領乎﹗夫不治刑不知造律者之深意，不治病不知著書者之苦心。先生康濟之心甚盛，而幾於無所用者，予得而推展之，亦邵、劉二君從臾之力也。同年趙君宗正，實聞而協成之。予與宗正同官比部者也，疇昔毖刑之意，重於殺人，抑此書之行為生人計也，亦重於殺人之慮也。處心積慮，有始終同而不異者，宜得牽連書之，以示後世焉。
時嘉靖乙丑歲中秋日前進士履齋曹灼撰
醫之為學，其道博，其義深，其書浩瀚，其要不過陰陽五行而已。蓋天以陰陽五行，化生萬物。其稟於人身者，陰陽之氣，以為血氣表裡上下之體；五行之氣，以為五臟六腑之質。由是人身具足而有生焉。然陰陽錯綜，五行迭運，不能無濃薄多少之殊。故稟陰陽五行之氣濃者，血氣臟腑壯而無病；薄者，血氣臟腑怯而有病。陽多者，火多，性急而形瘦；陰多者，濕多，性緩而形肥。陽少者，氣虛、表虛、上虛，而易於外感；陰少者，血虛、裡虛、下虛，而易於內傷。況乎人以易感、易傷之軀，徇情縱欲，不適寒溫，由是正損邪客，而陰陽臟腑愈虛愈實，或寒或熱，而百病出焉。故診病者，必先分別血氣表裡上下臟腑之分野，以知受病之所在；次察所病虛實寒熱之邪以治之。務在陰陽不偏傾，臟腑不勝負，補瀉隨宜，適其病所，使之痊安而已。然其道自軒、岐而下，仲景詳外感於表裡陰陽，丹溪獨內傷於血氣虛實，東垣扶護中氣，河間推陳致新，錢氏分明五臟，戴人熟施三法，凡歷代方書甚眾，皆各有所長耳。故後世用歷代之方治病，或效、或不效者，由病名同、治法異，或中其長，或不中其長故也。姑舉一病言之，設惡熱病，熱病之名同也，其治之法異，四君治血實之熱也，四物治血虛之熱也，白虎治氣實之熱也，補中治氣虛之熱也，麻黃治表熱也，承氣治裡熱也，四逆治假熱也，柴胡治真熱也，瀉青、導赤、瀉白、滋腎、瀉黃治五臟熱而各異也，各能洞燭脈証，而中其肯綮，則皆效。其或實用虛法，虛用實法，表用裡法，裡用表法，真用假法，假用真法，則死生反掌之間，尚何責其效乎。昧者不悟是理，泛用古今之方，妄試疑似之病，每致夭橫者不少矣。若是者，虛竊濟生之名，實所以害人之生，亂醫之真，孔子以鄉願亂德為德之賊，斯則醫之賊也。暗損陰騭，神明不佑，可不謹哉﹗英爰自髫年，潛心斯道，上自《內經》，下至歷代聖賢書傳，及諸家名方，晝讀夜思，廢餐忘寢者三十餘載，始悟千變萬化之病態，皆不出乎陰陽五行。蓋血氣也，表裡也，上下也，虛實也，寒熱也，皆一陰陽也；五臟也，六腑也，十二經也，五運六氣也，皆一五行也。鱗集於魚，輻輳於轂，醫之能事畢矣。是以不揣蕪陋，掇拾經傳方書，一以陰陽臟腑分病析法而類聚之。分病為門，門各定陰陽臟腑之部於其卷首而大綱著矣。析法為標，標各撮陰陽臟腑之要於其條上，而眾目彰矣。病有同其門者，立枝門以附之；法有同其標者，立細標以次之。凡經有衍文錯簡脫簡者，一以理考而釋正之。傳失經旨，眾論矛盾者，各以經推而辨明之。庶幾諸家之同異得失，得以曲暢旁通，精粗相因，巨細畢舉，同病異法，如指諸掌，名之曰《醫學綱目》。藏之巾笥，以便考求，使夫臨病之際，自然法度有歸，不致誤投湯劑，而害生亂醫，獲罪神明者矣。雖於軒岐心法之妙，不敢同年而語，然亦天地生物之心一助雲耳。
蕭山仙居岩樓英全善撰
凡治法皆以正門為主，枝門旁考之。假如心痛門為正門，其下卒心痛、胎前心痛、產後心痛等枝門，皆以心痛正門治法為主，其卒痛、胎前、產後則旁考以佐之也。
凡門分上下者，其上皆《內經》之元法，其下皆後賢之續法，如穴法門上、穴法門下是也。標之上下亦然。如針灸上皆《內經》元法，針灸下皆後賢續法是也。
凡所類之方，皆先賢名方。今號其名，但號所編之人，且如王海藏所編之方有仲景方，有《千金》方，有《易簡》方，並種種名方，今但號海藏之名，實不及仲景並《千金》《易簡》等方也。
凡所類之方，獨東垣、海藏、羅謙甫、丹溪以扶護元氣為主，可純依元方，其餘諸方多是攻邪之劑。善用之者，必詳其人虛實，灼見其實者，可依元方。若兼虛者，氣虛必以四君子相兼用之，或各半作複方用之；血虛必以四物湯兼用之，或各半作複方用之，庶不夭人長命也。
凡言運氣，皆謂一歲之中長幼之病多相似者，俗謂之天行時氣是也。
凡所載藥方，在本條者宜考本條，其有病在本條而方見別條者，詳載目錄，以便檢閱。
又有方名而無方藥者，另立補遺，以備參考。
凡傷寒藥方，六經自相為用，不必另立別條。