凡例九條
- 素問內經，乃軒岐明道之書，開物成務，醫道始昌。雖秦煽毒，而醫書獨全。後之注者，或割裂全文，或刪改字句。剽竊詭道，實開罪于先聖。如靈素合刻，篡集類經是已。惟王太仆、馬元台、張隱庵注釋，俱屬全文。然字句文義，有重複而不作衍文者，有倒置而未經改正者，有以訛傳訛而弗加詳察者。餘細為考校，確參訂正，庶幾補聖經，下禪後學。
- 六經文史，歷代有□卿大儒互參考訂，奕世宗仰。至醫門經論，未得名儒碩士 閱鋟梓，故茫無征信，即《素問》一經，各家雖有注釋，餘詳觀之，非苟簡隙漏，即敷淺不經。隱庵集注，義意艱深，其失也晦。餘不得已而更注之，顏曰“直解”，世之識者尚其鑒諸。
- 隱庵先生有集注之刻，不便雷同，故曰“直解”。注釋直捷明白，可合正文誦讀，非如張太岳《四書直解》，其訓詁有不可讀者。
- 《素問》八十一篇，原遺闕二篇，今已搜補矣。每篇名目，俱當詮解，茲刻不第詮解篇名，即篇中大旨亦逐為指出。一篇之中，分為數節，蓋以詞論冗繁，略分節旨，使觀者易於領會耳。
- 軒岐《素問》謂之聖經，不容假借，無奈後人著作方書，偏剿襲其義，摘取其文，而經脈針刺之理、三才運氣之道，茫乎若迷，鳴呼﹗世如斯、醫如斯，學道者又如斯，則經幾晦於方技，將見素問內經徒寄空名於天壤耳﹗後之業是道者，當知篇章字句，皆屬珠璣，毋容稍為去取者也。
- 是注體會先聖微意，言言中的，字字見解，而一針一血，尤必深入淺出，俾千百世後，永為畫定不易之說，庶軒岐問答之神，躍躍紙上，而至精至微之理，炳若日星。然道非淺近，故本注云︰非其人勿授、非其真傳不傳。餘之勞心神、歷寒暑，以成此解，亦第藏之名山，傳之其人而已，此複何計哉。
- 《素問》注解，不下十餘家，餘多方購覽，而明顯入彀者，十不得一。然世之學人，便知諸刻紛壇，其中是非莫辨、真偽難分，餘豈能執餘注而告諸人曰︰餘解是真也，非偽也。噫﹗必不能矣﹗所以雖付剞劂，要亦信諸吾心，質之軒岐，不冀人之知也。雖然，人同此心，心同此理，倘後之君子，或嗣而續之，倡而明之，又餘之深幸也夫。
- 《素問》論人身陰陽、血氣，臟腑、經脈，而無治病之法，是以數千年來，醫家咸置不問，蓋意理精深，無從控討。是解則理明義達，不冗不漏。然必誠切研求，潛心會悟，始能得其旨趣。昔者，餘著《傷寒集注》，梓以問世，亦可謂理明義達，不冗不漏矣，而研求會悟，似鮮其人，因思《素問》之書，亦猶是也。言念及此，良可悲已。
- 《素問直解》外，更有《本草崇原》、《靈樞直解》、《金匱集注》聖經賢論剞劂告竣。尤有《醫學真傳》之梓，蓋本神農、黃帝、仲景諸書，而詳明識証施治、品方用藥之法也。餘嘗謂聖賢經論，猶布帛菽粟，布帛御寒而必為之衣，菽粟救飢而必為之食。《醫學真傳》亦為衣而使人可衣，為食而令人可食也。然必經論俱成而後梓也，姑有待也。