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董氏家學淵源，精研醫籍，70年臨床實踐，理論臻於化境，再度昇華。每曰：“中醫學乃實踐科學，貴能愈疾，方藥為治病工具，欲遣藥以愈疾，全賴理論指導”。其主要學術論點概括為九訣，詳述於下。
以上九訣，為董氏數十年臨床精擷之經驗諄諄告誡後輩。昔錢仲陽氏曰“醫之為藝誠難矣，而治小兒為尤難。”今作小兒醫者，是必先精讀苦研前輩珍留下卷帙浩繁的經典醫籍，揣摩其中科學性所在，臨證又須詳慎細察，掌握九訣，明理識病，辨證求因，見微知著，方不致誤人兒矣。設若“書不熟則理不明，理不明則識不清，臨症遊移，漫無定見，藥證不合，難以奏效”。
董氏曰：兒為啞科，望診為要。一望形神動態，以獲整體印象；二望面色舌苔，兼視涕、痰、二便，以辨陰陽寒熱虛實，而於分部面診尤有精邃造詣。秉承經旨，面部以五藏分部，常以額配心，鼻配脾，頤配腎，左頰屬肝，右頰屬肺。《靈樞．五色篇》：“青為肝，赤為心，黃為脾，白為肺，黑為腎。”此皆五藏所主之常色，太過即是邪色，故曰：“青黑為痛，黃赤為熱，白為寒。”在精研自錢氏創建小兒面診五藏分證，涉獵歷代兒科醫家之論說，經60餘年臨床大量實踐識辨，更有進一步發揮。概括為山根為脾肺，印堂屬心，太陽屬肝膽，上下瞼及唇四白皆隸屬於脾胃，下頦屬腎。又以五色配五藏，若面部淡黃或萎黃，乃脾虛之候；鼻准色黃顯則從濕痰滯脾認症。印堂面頰紅赤，心肺病熱為多，顴紅常見於痰熱阻肺之咳喘、發熱，治擬清解瀉肺。顴赤甚或紫黯則常現於先天性心臟病或風濕性心臟病，《靈樞》：“心病者……顴赤”辨證為心血瘀滯，投血府逐瘀湯合清養之劑，每能緩解。而麻疹逆症常現兩顴青白，內合臟腑為左肝右肺，肝主血，肺主氣，今兩顴青白，即是氣血鬱滯，疹透不暢，邪毒不解，迅即轉發肺炎、腦炎危症，急用解毒活血湯搶救獲效，此為董氏一大創見。
嬰幼兒山根色診，更有特徵：平時山根青筋隱隱或連及鼻樑、眉心者，都為稟賦薄弱，肺虛脾弱，易罹患疾病，常謂：“山根青黑，體弱多病。”當患病時，青筋顯露於山根，色深青藍或豎或斜，亦有橫截成團者。其他如外眉梢、太陽穴、上眼瞼等，亦常顯布，此又為小兒分部面診重要內容之一。山根青筋從部位辨證當為脾胃受邪或不足為主，如中焦積滯或脾胃虛寒；有青為肝色，脾虛木乘侮土，多因乳食過度或胃氣抑鬱，邪客中焦，常見於厭食、疳積、腹痛、泄瀉等病症，正如《幼幼集成》“山根，足陽明胃脈所起……倘乳食過度，胃氣抑鬱，則青黑之紋，橫截於山根之位”之謂，常採用保和丸、胃苓湯以及董氏消疳類方藥主治，消積化滯、抑木扶土；屬脾胃虛寒患兒，治用理中湯、益黃散之類溫運中陽，輒獲良效。小兒腸套疊復發時，山根青筋深藍，辨為腸道瘀阻，肝氣鬱滯，選用少腹逐瘀湯化裁，活血利氣而複腸套。以上均是望色生克而知遂順，辨證施治，藥中契機，症情向愈，異色自隱，臨診屢試屢驗，董氏診視兒疾，自有“望而知之”之神。
董氏每每詢問患兒睡中是否露睛，認為素體脾虛之小兒，必有此症。昔夏禹鑄辨小兒驚風之虛實，曰：“上胞屬脾，腫則脾傷也；下胞屬胃，青色胃有寒也；腫而露睛者，脾胃虛極也。”指出眼皮屬脾，脾虛故眼不能合。董氏承用古訓，認為睡時露睛乃脾胃虛弱之指征，於兒科臨床極有診斷參考價值。稟薄脾虛之兒，病中倘見此症，其脾胃中氣暗傷，是為信號，輒以益氣健脾之劑取效；有常兼見自汗盜汗，面白光脈弱等症，乃脾胃先虛，營衛失和，選用桂枝湯加防風、黃芪、穀芽而能健脾醒胃，益氣斂汗，是為調整脾胃虛弱患兒之良方。
辨舌苔又為望診中重要內容之一。章虛穀曰：“觀舌質可驗其陰陽虛實，審舌苔即知邪之寒熱深淺。”即所謂有諸內者必形諸外。小兒三歲以內脈氣未充，不足為憑，故望舌更顯重要。
董氏謂病之本元虛實，須視舌質，邪之重輕，當辨舌苔，其病淺深，又須按胸腹，問飲食二便，綜合分析。
白苔，苔白為寒，白浮潤薄，寒邪在表，擬辛溫散寒。全舌白苔浮膩微厚，刮而不脫者，此寒邪欲化熱也；苔白薄呈燥刺者，或舌質紅，此溫病伏邪感寒而發，肺津已傷，初起衛閉則營氣被遏，是為寒閉熱鬱，仍須辛溫疏解，散發陽氣，衛氣開則營氣通，白苔退而舌紅亦減，所謂“火鬱發之”是也。苔白粘膩，兼有傷食積滯，白滑而厚，又為痰濕阻遏，須于解表中佐入消導化滯或升降痰濁之品。滿口生白花見於新生兒則為鵝口瘡，近有因過用抗生素而滋生黴苔，濕熱可用導赤瀉心利濕為治。有曰衛分之病，現于舌苔，營分之病現於舌質。
黃苔，苔黃為熱，黃深熱亦甚。黃而滑者，濕熱薰蒸也；黃而乾燥，邪熱傷津也。浮薄色淺者其熱在肺；苔厚黃深則邪熱入胃；苔薄黃舌色赤者邪熱漸入營分也；苔黃白相兼而舌絳紅，此氣分遏鬱之熱灼津液，非血分病也，仍宜辛潤達邪、輕清泄熱之法，最忌苦寒陰柔之劑。邪熱內陷，舌質純絳鮮澤，神昏者乃邪傳包絡，宜清營解熱，通竅開閉。又苔黃垢膩，口氣臭穢，常因傷食積滯，濕鬱化熱，阻于腸胃，於清降裡熱中合化濁導滯兼瀉腑熱。
黑苔，有寒熱虛實之異。黑而滑者，內有寒痰，身無大熱大渴者，須用辛溫通陽化濁；黑苔薄潤或灰色，舌質淡白，此為陽虛寒凝，亟須薑附溫陽，桂苓化飲為法。苔黑而燥，或起芒刺，舌質紅赤，乃邪實熱甚，若腹滿痛而拒按，為府實熱結，急需三承氣攻瀉實熱；若苔黑乾燥腹不脹滿，裡無實結，是津液耗竭，有宜大劑涼潤滋陰。寒熱虛實當須明辨，毋犯虛虛實實之弊。又有食酸而色黑，稱“染苔”，與病無關，不可混淆。
小兒舌質淡白者，為心脾虛寒，氣血不足，正虛為本，至其變化，必當參合脈證。舌質淡白，脈神尚可，雖有邪熱病證，宜輕清邪熱，忌用苦寒削伐，以傷氣血耳。幼兒體弱，每見熱盛傷陰，或陰損及陽，常見舌紅倏忽轉淡，此時亟須扶陽，幾微之間，辨之須清。而吐瀉煩渴，舌淡白者，非用溫補不可也。
上述僅舉董氏望舌經驗之大綱，臨床變化雖多，若能明理，撮其大綱而隨證應變，自可類推隅反也。
嘗云中醫治外感熱病理法有二，一是為病邪找出路，一是給病人存津液。病邪初入，當汗時而汗之，邪熱傳裡，當下時而下之，濕熱阻滯，當滲利之，都是給邪以出路，使邪毒排除後，表裡得和，津液自保。董氏素擅救治小兒多種熱病急症，既從傷寒六經分辨，又自溫病三焦論治，識病有定法，療疾有主方，感證高熱，邪自外入，初起邪在淺表，強調祛邪安正，曰：譬如盜至人家，近大門則驅從大門出，近後門則驅從後門出，乃宗經旨“其在皮者汗而發之”，“其在下者引而竭之”，“開鬼門”“潔淨府”給病邪以出路。諸如高熱驚厥、麻疹、乙腦等不同熱病以發汗、攻下、利尿、湧吐、甚至發疹布痧，痘疹引漿等不同方法都為給邪毒以出路也。臨床上更有見傷寒蓄血證用抵當湯、桃核承氣湯，乃取“血實宜決之”之經旨；小兒口腔潰瘍用導赤散瀉心與小腸之火自小便出，大便實者，酌加大黃，此為上病下治之泄熱法。傷寒熱病若治不及時，邪傳三陰，如賊已逼近寢室，倘能由陰轉陽，回歸陽明，不失時機則仍可驅從後門出，故曰三陰亦有可下之證也。熱病的“開門逐盜”是不令病邪深入也，若驅賊不給出路，關門與之鬥，即或賊敗，能不損及器皿（臟氣與正氣）？設或不勝，必兩敗俱傷，甚或反被賊害，禍莫大焉！故曰“治熱病不可關門殺賊也”。
《靈樞．邪氣藏府病形第四》：“中于陰則溜於府，中于陽則溜於經”，“邪入于陰經，則其藏氣實，邪氣入而不能客，故還歸於府”，提示邪入陰經後，若臟氣充實，不向裡傳則流歸於腑。傷寒學派錢潢更明晰：“陰經之邪，而能複歸陽明之府者，即……中陰溜府”；柯韻伯則認為，三陰皆有可下證，乃是熱邪還府，“陽明又是三陰經實邪之出路也”；陸九芝強調：“病苛入胃，得為下證，即無死證，而自陰溜府之更為可貴也”。後世醫家進一步闡明了陰證轉陽，邪結陽明而成可下之證，乃病勢逆轉，出險入夷之征，故曰：“陽明無死證”。
董氏秉承經旨，精研傷寒，論點精闢。“中陽溜經”已知其為邪中三陽，但辨其三陽何證，因證施治可也；而“中陰溜府”為熱邪還府，則為三陰之可下證矣。而其下法又大有研究，仲聖立少陰三急下，柯氏以“三陰皆得從陽明而下”，其理法均未離乎“承氣”；惲鐵憔氏雖有黃龍湯扶正攻下，半硫丸辛潤溫下之發揮，而於臨症之際，尚不可拘泥膠著。陰證轉陽，其陽氣來複有微盛之異，盛者轉陽明燥結，可選仲聖峻攻開結之三承氣，泄熱潤燥之脾約麻仁，潤腸導下之蜜煎導法；微者元陽尚弱，腑氣寒澀，惟宜辛通溫潤，除半硫丸外，尚有大黃附子、千金溫脾、東垣通幽、景嶽濟川等，要在有是症用是藥，切忌誤下峻攻。曾治一老年喘咳重症，董氏辨屬腎不納氣之少陰證，投真武湯加濟生腎氣丸六劑，喘平脈起。後因便結不下，為陰證轉陽，自陰溜府之兆也，大便秘結正是生機所在，當服半硫丸或蓯蓉、當歸、柏子仁之類溫養辛潤，微微導下為合。
然患者急欲通便，病房護士，不諳病機，給予灌腸，大便通下，旋見胸滿氣促，心悸神昏，大汗淋漓，脈微欲絕，搶救無效迅即死亡。蓋高年喘者，腎氣初複，元陽始回，本元未固，扶植為要，今灌腸蕩滌，微陽氣耗而脫，陰陽離決之於頃刻，惜哉！董氏對“中陰溜府”經旨要義引申概括為三點：
①是指傷寒三陰證由於陽氣來複，症勢轉歸陽明而成可下之症；
②“溜府”運用下法當辨虛實寒熱，或峻或緩，或溫或潤，不可偏執；
③“溜府”之誤治因於峻攻滌腸，陽氣暴脫，故重在回陽固元。
董氏於調治兒科病症每于脾胃生化升降著手，常謂小兒體稟稚陰稚陽而又生機蓬勃，營陰精微常呈不足，其生長發育全仗脾胃營養供給。強調小兒先天強者不可恃，若脾胃失調，仍易多病；先天弱者毋庸過憂，適當調攝脾胃，使後天化源充分，亦能轉弱為強。就病機言，小兒患病多自外感或傷食，每見損及脾胃，診治時必先察脾胃之厚薄，處方遣藥亦須刻刻顧護胃氣，一見不足，及時救護，強調“百病以胃氣為本”，推崇仲聖、錢乙之方，認為白虎湯之配粳米、小柴胡湯之配薑棗、補肺阿膠散之伍糯米、瀉白散之佐粳米，均含有護胃和中之意。他在“小兒用藥六字訣”一文中，“輕”字居於首位，告誡醫者用藥勿使過劑，毋犯胃氣，貴在清靈，貴在平和。
然調補脾胃方面，又忌呆補、蠻補，應掌握通補潤燥之配合，在益氣滋陰時每佐以通利助運之品。常用參苓白朮散，認為補養脾陰的山藥、苡仁、扁豆等均屬穀物類，氣味甘淡，深合脾胃本性；而在養胃法中，每以石斛、花粉、扁豆、穀芽與陳皮、枳殼、佛手、香櫞等潤燥相伍、相得益彰。
董氏深諳東垣之《脾胃論》“脾胃既虛，不能升浮……清氣不升，濁陰不降”，十分重視脾胃升降樞機作用。治小兒泄瀉除辨寒熱虛實外，亦應注意清濁相干，升降失調，喜用葛根、扁豆衣、扁豆花、荷葉等藥參入方中，取其輕靈升清、宣發清陽、便泄自和；更有頑固便秘之因脾胃氣機升降失調者，用通潤之劑中反佐一味升麻，旋轉氣機，升發清氣，濁陰自降而達結開便通。
對痰咳久延，包括遷移性肺炎、肺膿瘍等重症，肺脾兩虛，痰濁內生，久久不愈，則採用培土生金以杜痰，即杜痰之源，擅用星附六君湯之培土生金法，健脾榮肺，複其清肅之令而咳痰均和。宿哮纏綿之因肺脾陽虛，寒飲內伏，輒選苓桂朮甘湯通陽健脾，為崇土利飲法，尚可合二陳、三子，成為一首治咳喘防復發的根治之劑，均是董氏對脾胃學說的融匯而延伸發展。
曾治一11月齡患先天性溶血性貧血、黃疸之危重兒，經常高熱達40℃（肛表），咳嗽頻作，面黃如蠟。本病系溶血危象，紅細胞異常，每易破壞呈高熱身疼，隨時有衰死竭亡之慮。董氏審患兒病本乃先天不足，元氣大虛，脾之統血失職，病因陰血大耗，為裡虛感邪之重症。治療本病當從脾胃考慮，脾胃乃氣血生化之源，然“有形之血難以速生，無形之氣所當急固”，亟須補氣健脾複其統攝之權，選用東垣麻黃人參芍藥湯加味治療，退熱止咳，常能轉安。考本方出自東垣《脾胃論》，主治“脾胃虛弱，氣促憔悴”而又表有大寒，裡邪耗血，成為後世治療虛人外感之名方，旨在健脾胃益中氣以顧病本。應用全方，充分考慮到患兒元氣大虛，陰血虧耗的本質，以及衛弱易感外寒之標象，參芪甘草補氣益脾，托邪外出，配麻桂以解表邪，歸芍養血和營，麥冬五味清熱養肺，元氣振，陰血生，外邪解而氣血滋生，從而救治了危重症。